Digamos que haces una compilación de una hora y media de cierta serie y le quieres poner una 'marquita' por cada episodio que has compilado en el video para así en las futuras reproducciones saber en que sección está el que interesa ver.
Pues bien ahora decidme si sabéis cómo se hace, porque yo tengo nulo conocimiento al respecto y que herramientas hace este labor (Mkvtoolnix / Handbrake /..)
explicado de una forma sencilla de entender para que cualquier persona si en el futuro le pasa lo mismo o parecido
Leyendo este tema se le resuelvan las dudad.

Con los dos, haces los indices, en handbrake sino recuerdo mal viene marcado por defecto (creo que en la pestaña de subtitulos, tienes la opcion). Ahora, lo que entiendo es que tu quieres diferenciar un capitulo de otro, es decir el capitulo 1 del capitulo 2...mkvtoolnix. Lo complicado va ser explicartelo ya que hace muchos años que no lo hago, y posiblemente haya cambiado...

Tendrias que buscar el archivo mmg.exe dentro de la carpeta y ejecutarlo y se te abriria una interfaz

En la solapa Editor de Capitulos, hacemos click en Editor de Capitulos y luego en Nuevo. Seleccionamos el nuevo archivo de capitulos, y hacemos click en Nuevo Capitulo (en la barra lateral derecha)

Cargas el archivo en tu reproductor y vas anotando el inicio y fin de cada tema (en formato HH:MM:SS) y lo vas cargando junto con el nombre del tema en los campos nombre e inicio y fin.

Teniendo ya los capitulos creados vamos a guardarlos en formato .xml. Para eso vamos a Editor de Capitulos, y seleccionamos Guardar.

Ahora vamos a cargar el archivo .mkv, una vez cargado el archivo .mkv nos vamos a la solapa Opciones Generales, y cargamos el archivo .xml que contiene los capitulos que creamos.

Con los archivos .mkv y .xml cargados, lo unico que nos resta hacer es iniciar el multiplexado que tardará como mucho 4 minutos y ya tendremos nuestro mkv con capitulos incrustados.

Pero ya te digo, esto era asi hace unos años por la version 5-6 del programa. Hoy posiblemente la forma de hacerlo sea la misma, pero la interfaz ha cambiado y posiblemente la forma de llegar tambien.

Revisada la nueva interfaz, ya no tienes que buscar en la carpeta. Al abrir mkvtoolnix, donde tienes que clickar es en la ventana izquierda "editor de capitulos", e imagino que a partir de aqui, los pasos seran los mismos o muy similares.