Aqui os cuento como se hace por si alguien no sabe como va...
1. Abrimos el VDM (obviamente...

2. Vamos al menu..y click en ARCHIVO
3. ABRIR ARCHIVO DE VIDEO....
4. Elegimos el video...(MKV...obvio..

5. En la ventana que tenemos abierta, en la parte inferior veremos unas opciones..

Lo poneis tal como aparece en la imagen, luego decis ABRIR y automaticamente se carga....y luego ya que cada uno haga lo que necesite con su mkv...
Espero que os sirve esta breve explicacion.