Hola ferdy, pues me temo que esos subtítulos que no se pueden desactivar en el mkv es que están incrustados en el video, contra eso no se puede hacer nada... bueno, casi nada, yo me he encontrado con esa casuística en alguna ocasión, eso sucede sobre todo en películas que llevan subtítulos forzados, con lo que lo que he hecho es ajustar unos forzados en español para que salgan sobre los incrustados, por ejemplo:
Aquí debajo de esa caja negra con el sub en español, hay un sub en alemán concretamente, si se le hace ese truco, aunque ocupa más espacio en pantalla, por lo menos se pueden leer bien. Esos subs los realizo con
Aegisub, y hay que darle un formato que no es srt, sino ass, aunque puedes partir de un srt a la hora de ajustarlo y editarlo, hay algunos tutoriales en google, no es dificil de todas formas, en concreto estos los he editado con estas caracteristicas:
Espero que te sirva de algo y puedas hacer que por lo menos los subs se lean bien encima de los otros.